Aunque Colombia posee en sus océanos una gran diversidad biológica, al igual que ocurre con su ambiente terrestre, el conocimiento que tenemos de los ecosistemas marinos y oceánicos aún es limitado, debido a factores como las incipientes capacidades tecnológicas, carencia de recursos para la investigación y la falta de conocimiento sobre los fondos del talud continental.
No obstante la anterior afirmación, el Instituto de Investigaciones Marinas, Invemar, informó que en los últimos 12 años se han realizado, en conjunto con otras entidades y universidades nacionales e internacionales, proyectos de investigación que han permitido aumentar significativamente el conocimiento de nuestra diversidad marina.
Resultado de estas investigaciones, se han catalogado más de 20.000 registros de organismos. Se tienen identificadas más de 1.200 especies de los diferentes grupos de organismos como peces, moluscos, equinodermos, crustáceos, corales, esponjas, gusanos de mar, animales musgo (briozoos), algas, entre otros. De igual manera, según Invermar, se registró por primera vez la presencia de aproximadamente 300 especies para la región, lo que quiere decir que a pesar de que se conocían en otras partes del mundo, no se sabía que existían en nuestras aguas territoriales.
Un logro que según Invemar “nos ubica como potencia en diversidad”, lo representa la descripción hasta el momento de 20 nuevas especies para la ciencia. Fueron encontradas en Colombia primero que en ningún otro lugar del mundo, especies tales como: el gusano Eunice Colombia; el coral Tethocyathus prahli; los cangrejos Cymonomoides fitoi, Pyromaia acanthina, Pagurus meloi; los peces Eptatretus wayuu, Quadratus ancon, Symphurus hernandezi, Pontinus inesae; los moluscos Armina juliana, Armina elongata, Volvarina bayeri, Thatcherina diazi, Cocculina fenestrata, Copulabyssia Colombia, Terebra colombiensis, Suturoglypta procera y el Bivalvo Spinosipella agnes.
Colombia cuenta con cerca de 3.000 km de litorales en los dos océanos y en sus sistemas insulares, abarcando 988.000 km2 lo que representa el 50% del territorio nacional.
Sobre la plataforma continental (hasta los 200 m de profundidad), nuestro país posee arrecifes coralinos, manglares, praderas de pastos, playas, litorales rocosos y sistemas estuarinos (como la Ciénaga Grande de Santa Marta), entre otros. Aproximadamente 2.900 km2 corresponden a áreas coralinas, de las cuales 1.091 km2 representan zonas con gran cobertura arrecifal, lo que representa el 0,4 % de los arrecifes existentes en el planeta. El 76,5% de las áreas coralinas del Caribe colombiano pertenece a las formaciones oceánicas del archipiélago de San Andrés y Providencia, mientras que el 23,5 % restante lo constituyen las áreas coralinas continentales que se distribuyen desde el Urabá chocoano hasta La Guajira y presentan su mayor desarrollo en la región central del Caribe colombiano, entre las Islas de San Bernardo y del Rosario, con cerca de 380 km2 de extensión total y 219,5 km2 de cobertura coralina viva.
Por otra parte, los manglares cubren una superficie aproximada de 300.907 ha, de las cuales 67.504 ha están en el Caribe, mientras que la mayor cobertura de bosque de manglar se ubica en el Pacífico (233.403 ha), especialmente en el departamento de Nariño. Con relación a las praderas de pastos marinos, la extensión en el Caribe colombiano es de aproximadamente 43.223 ha, de las cuales 80,2% están localizadas principalmente frente al departamento de La Guajira.